Najlepszy program antywirusowy posiada wiele modułów, które pozwalają chronić prawie całkowicie komputer przed złapaniem wirusa. Program antywirusowy powinien posiadać: skaner, monitor, szczepionkę oraz program weryfikujący i program zliczający sumy kontrolne.
Skaner jest najstarszą i zarazem najprostszą formą ochrony przed niechcianymi i szkodliwymi plikami, programami. Skaner wyszukuje określoną (znaną z posiadanej albo zaimplementowanej z zewnątrz wskutek aktualizacji bazy sygnatur) sekwencję w ciągu danych i w ten sposób odnajduje wirusa.
Skuteczność tej operacji zależy od wersji bazy sygnatur. Jeśli jest ona stosunkowo nowa, to rośnie szansa, że nie złapiemy wirusa, bo system go rozpozna (dlatego należy aktualizować bazę codziennie albo ustawić w opcjach automatyczną aktualizację po pojawieniu się nowych sygnatur na serwerze twórcy oprogramowania antywirusowego).
Choć skuteczność skanera zmalała, gdy pojawiły się wirusy polimorficzne (o różnych próbkach jednego kodu), to wciąż każdy darmowy program antywirusowy w dużej mierze opiera swe działanie właśnie na tym module.
Monitorem jest nazywany program antywirusowy, który ma postać sterownika SYS albo TSR. Monitor czuwa nad realizacją różnych funkcji przez DOS i BIOS i wykrywa odwołania do dysków. Skuteczność tego modułu zależy od stopnia jego ingerencji w system operacyjny oraz momentu przejęcia kontroli przez wirus.